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龜山島的百合花分布最廣的區域，在南岸碼頭涼亭附近及舊營區旁的空地上；登島遊客可在此欣賞到一大片百合花海。龜山島上的百合花除了臺灣的原生種之外，另外還有由琉球群島飄洋過海而來的鐵砲百合，外形與島上現有的臺灣百合相似，主要差別在於臺灣百合的花被片內面白色而外帶酒紅色條紋，而鐵砲百合則內外皆白，下次登島觀賞時別忘了辨識看看。
臺灣因黑潮將海底有機鹽沖上臺灣海面，形成豐富海洋資源，讓龜山島海域成為臺灣三大漁場之一，同時也是海豚洄游必經之路。最常看到的就是春夏秋常見的飛旋海豚，經常高跳以身長為軸旋轉，游進時嘴尖常探出水面，且跳躍姿態方式豐富，是廣受大家喜愛的海豚品種。
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